Kongar, bir yazar ve akademisyen olarak, CHP ve MHP arasındaki tartışmaları köşe yazısında ele almış ve silahlı paylaşımlara dikkat çekmişti.
Kongar, "İktidarın polis, jandarma, ordu ve yargı gücüne sahip olmasına rağmen tabanca da istediğini, bu durumun 'han-ı yağma iştihası' olduğunu" belirtmiş ve geçmişteki bazı silahlı olaylara atıfta bulunmuştu.
Yönter ise, Kongar'ın yazısına, kendisinin İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nde hocalarından biri olduğunu ve bilim insanı kimliğine saygı duyduğunu, ancak Kongar'ın analiz ve tahlillerinin artık kendisini yanılttığını söyleyerek cevap vermişti.
Kongar, TELE1'de yayınlanan 18 Dakika programında Yönter'e, "Eğer Yönter benim öğrencimse ve demokrasiyi, demokratik siyasette tabancanın yeri olmadığını öğretememişsem, hocalığıma yazık olmuş" diyerek yanıt verdi. Kongar, demokratik siyasetin iletişimle yapıldığını ve şu anki iktidarın parlamenter demokrasiyi rafa kaldırdığını, polis, jandarma ve yargıyı kontrol ettiğini, buna rağmen hala silah talep ettiğini ifade etti.