İsen Buga, Çağatay Devleti'nin hükümdarıydı ve Hızır Hoca'nın torunu ile Üveys Han'ın oğlu olarak soyu Cengiz Han'a dayanıyordu.
Timur, 1380'lerde kendi imparatorluğunu kurduğunda, Asya'daki sultanlar, hakanlar ve şahlar unvanlarını korudular, ancak bağımsız devlet başkanları olmaktan çok Timur'un generalleri haline geldiler. Bu dönemde Doğu Türkleri için "hakan" veya "han" unvanını taşımak için Cengiz Han'ın soyundan gelme gerekliliği vardı. Cengiz Han Moğol kökenliyken, Timur ise Türk'tü. Bu nedenle aralarında bir kan bağı yoktu. Timur, geleneği bozmadı ve "han" unvanını kullanmadı. Sadece "Emir" unvanını kullandı ve sembolik olarak devletinin başına, Cengiz Han'ın torunlarından olan Türkleşmiş bir Moğol prensi olan Mahmud'u getirdi. Mahmud Han, "Han" olarak görünse de aslında Timur'un ordusunda ve emrinde bir generaldi.
İsen Buga da aynı ordunun bir generaliydi. Cengiz Han'ın soyundan geldiği için "Han" unvanını taşıyabilirdi, ancak tamamen Timur'un emrindeydi ve onunla birlikte farklı bölgelerde savaşlara katıldı.
1402'de Ankara'da, Çubuk yakınlarında gerçekleşen savaşta İsen Buga, Timur ile Osmanlı hükümdarı Yıldırım Bayezid arasında yer aldı. Bazı savaş tarihçilerine göre, ön saftaki hücum birliklerini komuta ederken, diğer görüşlere göre ise Timur'un ünlü fil müfrezelerini yönetti. Karargahını bugünkü "Esenboğa" olarak bilinen bölgede kurdu. İsen Buga'nın, Timur'un zaferinde büyük bir rol oynadığına inanılır. Timur'un oğulları Miranşah ve Şahruh'un saldırılarına karşı direnmekte zorlanan Osmanlı ordusu, İsen Buga'nın fil müfrezelerini ön saflara sürmesiyle tam bir yenilgi yaşadı. Yıldırım Bayezid, Timur'un sembolik hükümdarı Mahmud Han tarafından esir alındı ve sonunda acı bir sona ulaşıldı. Yıldırım Bayezid, birkaç ay sonra hayatını kaybetti ve Osmanlı İmparatorluğu parçalandı, bir "fetret" dönemi yaşandı.
